Sekretariatet fungerer som bindeled mellem indstillingsudvalg og bestyrelse. Sekretariatet har gennem årene fået et godt kendskab til de mange forskellige situationer, som medarbejdere kan komme ud for. Sekretariatet formidler kontakten mellem indstillingsudvalg og bestyrelse og hjælper indstillingsudvalgene med oplysninger om og retningslinjer for, hvornår Medarbejderfonden kan yde støtte. Det er også Sekretariatet, som står for det praktiske arbejde med bl.a. at præsentere ansøgningerne for bestyrelsen, lave bevillingsbreve og afslag og foretage udbetalinger.